Dominio nos transporta a una época futura post-apocalíptica no muy lejana de la actual, La historia se desarrolla en la Tierra, concretamente en una ciudad subterránea, una colonia humana llamada Dominio. Este mundo distópico, afectado mayormente por el calentamiento global, alberga una esperanza de supervivencia para la humanidad gracias a los vínculos, alianzas entre los humanos y las criaturas marinas que habitan en las grutas subterráneas. 

Sin embargo esta esperanza no se mide de la misma forma para todos los habitantes de Dominio, una simple manipulación en los vínculos puede marcar el destino de cada habitante, y con ello enriquecer o sentenciarlo para siempre.

Tras conocer la injusticia que ha invadido Dominio durante generaciones y sacundiéndo así los cimientos de lo que creía cierto, Phibi una joven del más bajo estatus social, se dispone a llegar al fondo de este asunto y confrontar a quien se encuentre detrás de todo ello.